El retiro

Vuelto a Mendoza en enero de 1823, pidió autorización para regresar a Buenos Aires y reencontrarse con su esposa que estaba gravemente enferma. Bernardino Rivadavia, ministro de gobierno del gobernador Martín Rodríguez, se lo negó.

Viaja a Buenos Aires, pero su mujer ya había fallecido el 3 de agosto de 1823. 

Al llegar a Buenos Aires se lo acusó de haberse convertido en un conspirador. Desalentado por las luchas internas entre unitarios y federales, decidió marcharse del país con su hija. El 10 de febrero de 1824 partió hacia el puerto de El Havre (Francia). Tenía 45 años y era generalísimo del Perú, capitán general de la República de Chile y general de las Provincias Unidas del Río de la Plata. Ofreció sus servicios a las autoridades argentinas con motivo de la guerra con Brasil, sólo después de la renuncia de su despreciado enemigo Rivadavia. 

En marzo de 1829 intentó regresar a Buenos Aires, al saber que había vuelto a estallar la guerra civil, permaneció a bordo de incógnito, aunque fue descubierto. Su antiguo subordinado, el general Juan Lavalle, había derrocado y fusilado al gobernador Manuel Dorrego, pero ante la imposibilidad de vencer en la contienda, ofreció a San Martín, la gobernación de la Provincia de Buenos Aires, pero éste juzgó que la situación a que había llevado el enfrentamiento sólo se resolvería por la destrucción de uno de los dos partidos. 

Durante los años que duró su exilio, San Martín mantuvo contacto con sus amigos en Buenos Aires, tratando de interiorizarse de lo que sucedía en su país. En 1831 se radicó en Francia, en una finca de campo cercana a París.